1、办公室（监察室、工会）：主要负责组织人事、文秘、党建、纪检监察、工会、工青团、妇联、劳资、医疗卫生服务及全所的综合协调服务工作；
　2、行政处：主要负责物业管理、基建、绿化、环卫、车辆管理、安全保卫等工作；
　3、财务处：负责全所的财务审核、物业管理和产品管理。
　4、科研管理处：负责科技项目的申服和管理、成果管理、职称管理、知识分子工作、学术委员会工作、科技兴农工作、《大麦科学》编辑部的工作等；
　5、开发处：负责全所科技开发（科技产业）的生产、经营等各项管理和协调服务工作。

　（二）研究室（7个）和试验农场1个：
　
　 1、水稻室：主要从事水稻新品种（组合）选育、栽培新技术研制及技术开发；
　2、经作室：主要从事棉花新品种选育、栽培新技术研制及技术开发；
　3、大麦室：要从事大麦、小麦新品种选育、栽培新技术研制及技术开发；
　4、土肥室：主要从事土壤肥料新配方、新技术的研究开发、牧草新品种的研制开发，沿海滩涂新品种、新技术的研究与开发；
　5、植保室：主要从事农业病虫草害发生规律及新农药、新技术、新配方的研究与开发；
　6、牧医室：主要从事波尔山羊基地建设、畜禽新技术研究、引进与开发；
　7、蔬菜室：蔬菜花卉新品种的引进与开发，杂交水稻的外向型开发；
　8、试验农场。试验农场位于市区东郊飞机场南侧，占地400亩，是本所的科研试验基地。

　（三）所属企业公司

　 盐城明天种业科技股份有限公司：成立于2001年9月，主要负责全所的种子、农药等农产品生产、开发经营;中越广城农业联营公司为我所下属名特优农副产品开发公司和越南的合资企业,目前主要从事杂交水稻出口业务。
　 （四）下属单位
新洋农业试验站：副处级差额拨款事业单位，现有耕地6000多亩，职工人数324人，其中科技人员42人。

　 三、人员构成情况

　 全所共有在职职工110人，离退休人员91人。
　 在职人员中：干部70（副科级以上干部24人），党员45人（退休党员32人），具有副研究员以上职称的有29人，其中正研究员4人。科技人员中有13人被列入江苏省“333人才工程培养对象。